Stefanie Hartmann

Phylogenetische Analysen von Genfamilien werden mit dem Ziel durchgeführt, die Evolution und Funktion von Genen und Proteinen zu untersuchen sowie die Evolution und Systematik von Organismen besser zu verstehen. Im Zusammenhang mit dem GoFORSYS-Projekt  werden phylogenomische Ansätze angewandt, um die Evolution und Funktion von Genen in der Alge Chlamydomonas reinhardtii zu untersuchen. Informationen über die Orthologie in den untersuchten Genfamilien werden dabei unter anderem für die Genomannotation verwendet. Diese Ergebnisse werden dazu beitragen, das photosynthetische Netzwerk der erwähnten Alge zu rekonstruieren.

Trotz der Verfügbarkeit von großen Mengen an Sequenzdaten sind viele systematische Zusammenhänge zwischen Organismen heute noch ungeklärt: Einzelgen-Analysen resultieren oft in widersprüchlichen phylogenetischen Hypothesen, und auch die gleichzeitige Analyse von mehreren Genen hat bisher für viele Spezies keine Klärung bringen können. Zusammen mit der Arbeitsgruppe von Ralph Tiedemann werden Genfamilien von einer taxonomisch umstrittenen Gruppe von Organismen, den Myzostomiden, und deren Verwandten untersucht. Unser Interesse gilt vor allem der phylogenetischen Position der Myzostomiden. nach oben

Detlef Groth

Webdienste sind das Ergebnis moderner Programmieransätze, die den Nutzer entsprechender Werkzeuge davon befreien, aufwendige Installationen vorzunehmen. Das ist besonders dann von Vorteil, wenn Programme nur gelegentlich genutzt werden. Ein Beispiel für ein solches Werkzeug ist der GOblet-Webserver, mit dessen Hilfe DNA- oder Protein-Sequenzen mit Gene-Ontology-Termen annotiert werden können. Neben der Annotation einzelner Sequenzen ermöglicht der Webserver auch das Erstellen von Statistiken für angereicherte Gene-Ontology-Begriffe und das interaktive Durchsuchen des gesamten Gene-Ontology-Baums. Der GOblet-Webserver kann auch lokal installiert werden. nach oben

Detlef Groth

Die bereits erwähnten großen Mengen von Messdaten aus Hochdurchsatzexperimenten sind durch einen hohen Grad an Komplexität und Heterogenität gekennzeichnet, sie werden von den Analyseverfahren insbesondere in sehr unterschiedlichen Formaten ausgegeben. Zur Aufbereitung dieser Daten für eine spätere Analyse mit anderen Werkzeugen entwickeln wir auf der Basis sogenannter Scanner-Generatoren verschiedene Programme. Diese erzeugen Datenbank-Code, der zum Beispiel direkt in ein relationales Datenbank-Management-System integriert werden kann. Unter http://bioscanners.sf.net finden sich Beispiele für Werkzeuge der skizzierten Art. nach oben